O grupo que tomou kefir apresentou mudanças na abundância relativa de algumas bactérias intestinais.
Entre as mudanças relatadas estavam aumentos em bactérias produtoras de lactato, incluindo Bifidobacterium breve, e em espécies do gênero Blautia. Os autores também associaram essas mudanças a vias ligadas à produção de ácidos graxos de cadeia curta.